fisik@net lihat situs sponsor
        ISSN 2086-5325 Kamis, 21 November 2019  
 
LIPI

depan
database
database
artikel
fenomena
kegiatan
situs
info
kamus
publikasi
buku
prestasi
kontak
e-data

  » Penghargaan
  » Cara link
  » Mengenai kami
  Forum informasi berita :

pengumuman berita dana beasiswa lowongan teknis

Tanggapan atas pesan yang sedang dibaca bisa dilakukan melalui sarana pengiriman pesan yang ada di bagian bawah.

» Lihat daftar pesan di forum informasi berita
» Tulis pesan baru di forum informasi berita

  • PESAN DAN TANGGAPAN :

    Undangan Seminar & Workshop Bioinformatika (17 Maret 2005)
    Oleh : Dr. Arief Budi Witarto
    Rabu, 2 Maret 2005 (13:32 WIB) dari IP 202.155.39.179

    Penggiat Fisika yth

    Tokoh2 bioinformatika internasional seperti
    Haruki Nakamura (Jepang), Burkhard Rost (Jerman)
    adalah alumni Fisika. Untuk itu saya forwardkan
    berita ini dg harapan ada pula fisikawan Indonesia
    di sini yang berminat utk bersinergi mengembangkan
    bioinformatika di Indonesia.

    Terimakasih atas perhatiannya.

    Arief B. Witarto

    ---dari sini---

    Seminar & Workshop Bioinformatika
    17 Maret 2005

    Undangan Peserta dan Pembicara (versi 1)
    ----------------------------------------

    Ledakan informasi biologi molekuler (DNA, RNA,
    Protein) dan kemajuan teknologi informasi (komputer,
    internet) bersinergi menciptakan bidang multi
    disiplin baru yaitu bioinformatika. Bioinformatika
    kemudian menjadi katalis terjadinya revolusi ome
    yaitu perkembangan pesat ilmu hayati yang bersifat
    komprehensif dan menyeluruh seperti dicontohkan
    oleh genome, proteome dll. Di sini kompleksitas
    interaksi masing-masing unit penyusunnya dengan
    probabilitas tak terhingga, tidak mampu lagi
    dianalisa dengan eksperimen lab konvensional
    tapi memerlukan bantuan analisa komputer.

    Seminar dan Workshop ini bertujuan untuk
    memperkenalkan kemajuan bioinformatika di dunia dan
    perkembangannya di Indonesia. Selain pembicara
    undangan, kami juga mengundang peserta yang
    ingin mempresentasikan penelitiannya secara
    lisan yang berhubungan dengan bioinformatika. Di akhir
    sessi, akan diadakan Workshop yang akan memberikan
    pengalaman bagi peserta untuk menggunakan berbagai
    perangkat lunak dan memahami pengetahuan dan teknik
    dasar untuk dapat memulai terjun dalam bidang yang
    maju pesat dari riset sampai komersialisasinya ini.

    Hari/tanggal: Kamis, 17 Maret 2005
    Waktu : 09:00 - 16:00
    Tempat : Pusat Penelitian Bioteknologi - LIPI,
    Komplek Cibinong Science Center,
    Jalan Raya Bogor Km.46, Kecamatan
    Cibinong, Kabupaten Bogor
    Biaya : Rp. 100.000 (termasuk snack, sertifikat &
    DVD berisi data dan software dasar untuk
    melakukan eksperimen bioinformatika)
    Pembicara : DR. Arief B. Witarto (LIPI),
    Peneliti & pengajar bioinformatika
    : DR. Anto S. Nugroho (Chukyo-U, Jepang),
    Computer scientist
    : DR. Dwi Handoko (BPPT),
    Pengembang klaster PC

    Pendaftaran : Via email ke witarto@yahoo.com
    (sampai Senin 14/3/2005 sebagai peserta;
    sampai Senin 7/3/2005 sebagai pembicara)
    Host : Kelompok Penelitian Rekayasa Protein,
    Puslit Bioteknologi - LIPI

    Lampiran : Artikel tentang Bioinformatika
    (Suara Pembaruan, 19 Mei 2003)

    ---

    SUARA PEMBARUAN DAILY

    Bioinformatika Menjelma Jadi Bisnis Besar

    Kini, perpaduan antara bioteknologi dan teknologi
    informasi (bioinfomatika) menjelma menjadi bisnis
    besar. Produk-produk bioinformatika telah dipatenkan
    oleh perusahaan-perusahaan biotek ternama di AS,
    Eropa, dan Asia. Lalu dari mana Indonesia seharusnya
    mengembangkannya? Teknologi chip DNA (deoxyrebase
    nucleic acid) semakin mempercepat ledakan
    informasi dari kemajuan bioteknologi seperti data
    sekuen DNA dari pembacaan genom, data sekuen dan
    struktur protein, sampai kepada data transkripsi
    RNA (ribonucleic acid).


    Perkawinan antara teknologi informasi dan bioteknologi
    mendorong lahirnya bioinformatika yang digunakan untuk
    mengorganisasi dan menganalisa data-data tersebut
    menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna. Tak
    bisa disangkal lagi, teknologi informasi (TI) saat ini
    telah menjadi mesin penggerak ekonomi sekaligus tren
    gaya hidup manusia modern. Bahkan pencipta Mirosoft,
    Bill Gates mengatakan bahwa penguasaan TI adalah cara
    bagi dunia ketiga untuk melakukan lompatan mengejar
    kemajuan dari negara maju.


    Di samping TI, bioteknologi juga diyakini telah
    menjadi lokomotif penggerak ekonomi masa depan. Dengan
    kata lain siapa yang menguasai keduanya, maka dia akan
    menguasai ekonomi dunia. Bioteknologi modern ditandai
    dengan kemampuan manusia untuk memanipulasi kode
    genetik DNA, "cetak biru kehidupan". Berbagai
    aplikasinya telah merambah berbagai sektor
    antara lain kedokteran, pangan, dan lingkungan.

    Rahasia Genom

    Aplikasi TI telah mempercepat pembacaan sekuen genom
    manusia seperti yang dilakukan perusahaan bioteknologi
    AS, Celera Genomics. Dalam waktu singkat (beberapa
    tahun) perusahaan tersebut mampu menghasilkan temuan-
    temuan baru tentang rahasia genom manusia dibanding
    usaha konsorsium lembaga riset publik Eropa dan AS
    lainnya yang lebih dari 10 tahun. Menurut pakar
    bioteknologi dari Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia
    (LIPI), Dr Arief B Witarto, kontribusi TI (perangkat
    keras maupun lunak) telah melahirkan bidang
    bioinformatika yang kian penting di masa depan.
    "Tidak hanya mengakselerasi kemajuan bioteknologi
    namun juga menjembatani dua gelombang ekonomi baru
    yaitu TI dan bioteknologi," ujarnya.

    Bioteknologi modern yang lahir pada tahun 1970-an
    diawali dengan inovasi ilmuwan AS mengembangkan
    teknologi DNA rekombinan. Perusahaan bioteknologi
    pertama di dunia, Genentech di AS, memanfaatkan
    temuan itu dengan memproduksi protein hormon,
    insulin yang dibutuhkan penderita diabetes dalam
    bakteri. Selama ini insulin hanya bisa didapatkan
    dalam jumlah sangat terbatas dari organ pankreas sapi.
    Dalam perkembangan selanjutnya produk bioteknologi
    telah merambah ke berbagai kebutuhan hidup sehari-
    hari seperti pangan dan kosmetika, tutur Arief.

    Aplikasi TI, menurut Arief, terutama didasari desakan
    kebutuhan untuk mengumpulkan, menyimpan, dan
    menganalisis data-data biologis dari database DNA,
    RNA, maupun protein. Keberadaan database adalah
    syarat utama dalam analisa bioinformatika dan
    database informasi dasar telah tersedia saat ini.
    Pemilik database DNA terkemuka adalah GenBank di
    AS, sementara database protein dapat ditemukan di
    Swiss-Prot, Swiss (untuk sekuen asam aminonya) dan
    di Protein Data Bank (PDB), AS (untuk struktur
    3D-nya).

    Data dalam database itu hanya kumpulan/arsip data yang
    biasanya dikoleksi secara sukarela oleh para peneliti,
    namun saat ini banyak jurnal atau lembaga pemberi dana
    penelitian mewajibkan penyimpanan dalam database.
    Menurut Arief, trend pembuatan database saat ini
    adalah isinya yang makin spesialis. Arief menyontohkan
    untuk protein struktur ada SCOP dan CATH yang
    mengklasifikasikan protein berdasarkan struktur 3D-nya.
    Selain itu ada PROSITE, dan Blocks yang berdasar pada
    motif struktur sekunder protein.

    Tak kalah penting dari data eksperimen tersebut adalah
    keberadaan database paper yang terletak di Medline.
    Link terhadap publikasi asli biasanya selalu tercantum
    dalam data asli sekuen. Perkembangan Pubmed terakhir
    yang penting adalah tersedianya fungsi mencari paper
    dengan topik sejenis dan link kepada situs jurnal
    on-line sehingga dapat membaca keseluruhan isi paper
    tersebut.

    Pencarian Database

    Setelah informasi terkumpul dalam database, langkah
    berikutnya adalah menganalisa data. Pencarian database
    umumnya berdasar hasil alignment (penyejajaran sekuen),
    baik sekuen DNA maupun protein. Metode ini digunakan
    berdasar kenyataan bahwa sekuen DNA/protein bisa berbeda
    sedikit tetapi memiliki fungsi yang sama. Misalnya
    protein hemoglobin dari manusia hanya sedikit berbeda
    dengan ikan paus.

    Kegunaan dari pencarian ini adalah ketika mendapatkan
    suatu sekuen DNA/protein yang belum diketahui
    fungsinya maka dengan membandingkannya dengan yang ada
    dalam database bisa diperkirakan fungsi dari padanya.
    Algoritma untuk pattern recognition seperti Neural
    Network dan Genetic Algorithm telah dipakai dengan
    sukses untuk pencarian database ini.

    Salah satu perangkat lunak pencari database yang
    paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar
    sekarang adalah BLAST (Basic Local Alignment Search
    Tool). Perangkat lunak ini telah diadaptasi untuk
    melakukan alignment terhadap berbagai sekuen seperti
    DNA (blastn) dan protein (blastp). Baru-baru ini
    versi yang fleksibel untuk dapat beradaptasi
    dengan database yang lebih variatif telah dikembangkan
    dan disebut Gapped BLAST serta PSI (Position Specific
    Iterated)-BLAST.

    Data yang memerlukan analisa bioinformatika dan cukup
    mendapat banyak perhatian saat ini adalah data hasil
    chip DNA. Menggunakan perangkat ini dapat diketahui
    kuantitas maupun kualitas transkripsi satu gen
    sehingga bisa menunjukkan gen-gen apa saja yang aktif
    terhadap perlakuan tertentu, misalnyatimbulnya kanker.
    mRNA (messenger) yang diisolasi dari sampel
    dikembalikan dulu dalam bentuk DNA menggunakan reaksi
    reverse transcription. Selanjutnya melalui proses
    hibridisasi, hanya DNA yang komplementer saja yang
    akan berikatan dengan DNA di atas chip.

    DNA yang telah diberi label warna berbeda ini akan
    menunjukkan pattern yang unik. Berbagai algoritma
    pattern recognition telah digunakan untuk mengenali
    gen-gen yang aktif dari eksperimen DNA chip ini.
    Salah satunya yang paling ampuh adalah Support
    Vector Machine (SVM).

    Saat ini bioinformatika telah menjelma menjadi bisnis
    besar. Perusahaan bioteknologi yang menghasilkan data
    besar seperti perusahaan sekuen genom senantiasa
    memerlukan bagian analisa bioinformatika. Produk
    bioinformatika pun sudah dipatenkan baik di AS, Eropa,
    maupun Asia. Menurut Arief, berdasar jenisnya produk
    paten terdiri dari perangkat lunak bioinformatika.
    Termasuk di antaranya adalah perangkat lunak pencarian
    database. Paten selanjutnya, menurut Arief, adalah
    metode bioinformatika yang menganalogikan metode bisnis
    seperti pada kasus pematenan Amazon.com. Sedangkan
    yang terakhir adalah produk bioinformatika itu sendiri
    yaitu informasi biologis hasil analisisnya.

    Mulai dari Mana?

    Di Indonesia bioinformatika masih belum dikenal oleh
    masyarakat luas. Di kalangan peneliti sendiri, mungkin
    hanya para peneliti biologi molekuler yang sedikit
    banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan.
    Sementara itu di kalangan TI masih kurang mendapat
    perhatian. Ketersediaan database dasar (DNA, protein)
    yang bersifat terbuka/gratis merupakan peluang besar
    untuk menggali informasi berharga daripadanya.
    Sudah disepakati, database genom manusia misalnya akan
    bersifat terbuka untuk seluruh kalangan. Dari situ
    bisa digali kandidat-kandidat gen yang memiliki
    potensi kedokteran/farmasi.

    Menurut Arief, dari sinilah Indonesia dapat ikut
    berperan mengembangkan bioinformatika. Kerjasama
    antara peneliti bioteknologi yang memahami makna
    biologis data tersebut dengan praktisi IT seperti
    programmer akan sangat berperan dalam kemajuan
    bioinformatika Indonesia nantinya. (SE/B-12)

    Last modified: 19/5/03

    [end]



    Re: Undangan Seminar & Workshop Bioinformatika (17 Maret 2005)
    Oleh : Budak_bageur
    Kamis, 3 Maret 2005 (12:33 WIB) dari IP 202.51.232.228

    bagus!! ilmuwan indonesia harus maju..


  • TULIS TANGGAPAN BARU :

    PERHATIAN : Semua data terminal yang mengakses otomatis dicatat sebagai arsip serta untuk kenyamanan bersama.

    judul :
    penulis : username :     password :
    isi :

    » kirim ke teman
    » versi cetak
    » berbagi ke Facebook
    » berbagi ke Twitter
    » markah halaman ini

  •  

    PERHATIAN : fisik@net berusaha memberikan informasi seakurat mungkin, namun tidak bisa menjamin tidak terjadi kesalahan baik disengaja maupun tidak. Segala akibat dari pemakaian sarana ini merupakan tanggung-jawab pemakai !
    - sejak 17 Agustus 2000 -
      Dikelola oleh TGJ LIPI Hak Cipta © 2000-2019 LIPI